Plazmepsīna II strukturālie pētījumi specifisko inhibitoru izstrādei

Abstract

Darba mērķis bija noskaidrot malārijas parazīta Plasmodium falciparum plazmepsīna II kristālstrukūras kompleksā ar inhibitoriem, lai atvieglotu to turpmākos uzlabojumus. Darba ietvaros vispirms tika veikta plazmepsīna II producēšana Escherichia coli šūnās, tā attīrīšana un aktivācija, pilnveidojot iepriekš publicētās metodes. Attīrītais plazmepsīns II tika ko-kristalizēts ar vairākiem Latvijas Organiskās sintēzes institūtā veidotajiem savienojumiem, no kuriem lielākā daļa bija iepriekš izpētīta inhibitora NU-655 atvasinājumi. Kristāli ar inhibitoru PG-394 sniedza visaugstāko difrakcijas datu kvalitāti un tika izmantoti kompleksa struktūras noteikšanai. Analizējot iegūto struktūru, tika secināts, ka iepriekš prognozētās inhibitora NU-655 izmaiņas ir uzlabojušas PG-394 piesaistīšanos aktīvajā centrā.

The aim of this study was to create crystals of inhibited form of plasmepsin II, a hemoglobin-degrading enzyme from the human malarial parasite from Plasmodium falciparum, and analyze them via x-ray crystallography in order to establish an insight into nature of inhibition. During this study plasmepsin II was produced in Escherichia coli, purified Anda activated, it was also cocrystallized with previously studied compund’s NU-655 analogs and other ligands. An inhibitor PG-394 provided crystals with the highest diffraction data quality, which were used for complexed compund’s structure determination. Results showed that NU-655’s modifications led to an enhanced binding of PG-394 to the active site of plasmepsin II.