No klīniskā materiāla izdalīto stafilokoku īpašību izpēte

Abstract

Darba nosaukums ir „No klīniskā materiāla izdalīto stafilokoku īpašību izpēte.” Darba autors: Žanna Muradjana. Darba vadītājs: LU Asociēta profesore, Dr.biol. T.Tračevska. Šis darbs sevī ietver koagulāzes negatīvo stafilokoku (KONS), to fenotipisko un ăenētisko īpašību, kas nosaka mikroorganismu virulenci, izpēti. Finansiālo atbalstu nodrošina Latvijas ZinātĦu padomes pētījumu grants. Galvenā pētījumu daĜa tika veikta LU Bioanalītisko metožu laboratorijā (vadītājs Dr. biol. Jānis Ancāns). Aparatūras iegāde finansēta no Eiropas Savienības pētījuma granta ERAF. Galvenie darba mērėi ir izdalīt gēnus un fermentus, kas nosaka virulenci, salīdzināt to klātbūtni klīnisko paraugu grupā un kontroles grupā, kā arī noteikt saistību starp šiem gēniem un mikroorganismu patogēniskumu. Darbā izvirzītās problēmas būtība slēpjas KONS, tai skaitā tā galvenā pārstāvja S.epidermidis, patogēniskuma potenciāla noteikšanā. S.epidermidis ir daĜa no normālas cilvēka ādas mikrofloras, tomēr dažos gadījumos tas parādās kā nozokomiālais patogēns. Parasti S.epidermidis izraisītās infekcijas attīstās uz pazeminātas imunitātes fona, kā arī ir saistītas ar medicīnisko iekārtu izmantošanu. Šajā darbā ietvertais pētījums tāpat parāda virulences gēnu ica un aap lomu biofilmu veidošanās mehānismā un nozokomiālo stafilokoku izplatībā. Darbā tika izmantota paraugu identifikācijas bakterioloăiskā metode, veikta fermentatīvo īpatnību noteikšana ar komerciālās metodes „BBLTM CrystalTM” palīdzību, ica un aap gēnu noteikšana ar PCR metodes palīdzību un paraugu vizualizācija ar elektroforēzes palīdzību. Iegūto rezultātu interpretācijai un apstrādei tika izmantota programma „Statistica 7” (loăiskās regresijas binominālais sadalījums). Pētījuma aktualitāte slēpjas faktā, ka uz plašu S.aureus izplatības, rezistences pētījumu fona KONS ir pētīti krietni mazāk. S.epidermidis klīniskā atklāšana izolātā ne vienmēr Ĝauj izdarīt secinājumus par to, vai mikroorganisms ir infekcijas slimības ierosinātājs, vai arī tas vienkārši liecina par nespecifisku kultūras inficēšanos. Virulences gēnu izpēte un noteikšana Ĝaus diferencēt to inficēšanās veidus un ceĜus. Tāpat šis pētījums parādīja aap gēna vadošo lomu infekcijas procesu izraisīšanā klīniskajos paraugos. Šos rezultātus var izmantot tālākā nozokomiālo infekciju izplatīšanās izpētē un tālākā koagulāzes negatīvo stafilokoku izpētē.

The title of Thesis is “Study of staphylococci isolated from different clinical samples.” Thesis author: Zhanna Muradyan Research supervisor: PhD, associated professor T. Tracevska This Thesis includes research on Coagulase Negative Staphylococci (CNS), their phenotypic and genetic characteristics determining the virulence of micro-organisms. Financial support has been provided as a grant for scientific projects of the Latvian Scientific Council. The main part of research was performed in the Laboratory for Bioanalytical Methods at the University of Latvia (supervisor Dr. biol. Jānis Ancāns). Purchase of equipment was European Union ERAF grant-funded. The main objectives of Thesis were to isolate genes and enzymes determining virulence, to compare their presence in the clinical sample group and control group as well as to determine the link between these genes and the pathogenicity of micro-organisms. The nature of problem put forward in the Thesis lies in determining the pathogenic potential of CNS including the most common staphylococcus - S.epidermidis. This type of staphylococci is a part of normal human skin microflora though in some cases it appears as nosocomial pathogen. Normally, infections induced by S.epidermidis develop with underlying lowered immunity and are associated with use of medical equipment. Also, research included in this Thesis reveals the role of virulence genes ica and aap in the mechanism of biofilm formation and spread of nosocomial staphylococcus. Thesis uses the bacteorogical method of sample identification, performs determining the fermentative properties with commercial method “BBLTM CrystalTM”, determining ica and aap genes with PCR method as well as visualization of samples, by using electrophoresis. The interpretation and processing of findings was performed by program “Statistica 7” (binominal distribution for logistic regression). Research topicality is specified by fact that CNS are studied much lesser than the spread and resistance of S.aureus. Clinical revelation of S.epidermidis in the isolate does not always allow making conclusions whether micro-organism is infection pathogen or a simple proof of non-specific infection of the culture. Study and determination of virulence genes will allow differentiate their infection types and ways. This research showed the leading role of aap gene in inducing the infection process in the clinical samples. These results may be used for further study of spread of nosocomial infections and study of coagulase negative staphylococci.