Personalizēta krūts vēža molekulārā diagnostikas testa izstrāde individuāli pielāgotai ārstniecības izvēlei un slimības gaitas novērošanai

Abstract

Šī darba mērķis ir izstrādāt krūts vēža molekulāro diagnostikas testu, kas balstās uz somatisko mutāciju noteikšanu audzēja audos un to izsekošanu asinīs slimīgas gaitā. Lai noteiktu somatiskās mutācijas, tika veikta 121 gēna mērķētā sekvencēšana audzēja audu un asins šūnu genomiskās DNS paraugos un izvērtēta atrasto mutāciju bioloģiskā nozīme. No pacientu asins paraugiem tika izolēta šūnu brīvā DNS (cfDNS) un ārpusšūnu vezikulas (EVs), un atlasītas mutācijas, ko paredzēts testēt šajos paraugos. Darba turpinājumā paredzēts salīdzināt divu veidu šķidro biopsiju testus – mutāciju kvantificēšanu cfDNS paraugos, izmantot pilienu digitālo PCR (ddPCR) un EV-iekļautās RNS sekvenēšanu.The aim of this study was to develop a precision medicine test, which is based on the detection of somatic mutations in breast cancer patient tissues and monitoring them in the circulation during the progression of the disease. Targeted sequencing was used on 121 genes in tumor tissue and blood cell genomic DNA to determine somatic mutations. Biological significance of these mutations were evaluated. Cell-free DNA (cfDNA) and extracellular vesicles (EVs) were isolated from patient blood samples and specific mutations were planned to be tested in these samples. It was planned to compare two liquid biopsy approaches – quantification of mutations in cfDNA samples using digital droplet PCR (ddPCR) and sequencing of EV-enclosed RNA.