Vizualizācija hromatīna interakciju datu analīzei

Abstract

Pēdējos gados daudz tiek pētītas hromatīna interakcijas – DNS un ar to saistīto olbaltumvielu izvietojums šūnas telpā. Īpaša uzmanība tiek pievērsta hromatīna reģioniem, kas atrodas tiešā kontaktā, jo šajos reģionos nereti var izšķirt īpatnējus regulācijas elementus, kas nosaka gēnu darbību. Hromatīna interakciju datu analīzei ir izveidota dažāda programmatūra, tai skaitā vizualizācijas, kas ļauj ātrāk uztvert vispārēju informāciju par šīm interakcijām. Šajā darbā izveidotā vizualizācija aplūko hromatīna interakcijas kā neorientētu grafu, kurā hromatīna reģioni ir virsotnes, bet to mijiedarbības attēlotas kā šķautnes. Lai uzskatāmi parādītu galvenās grafa īpašības, radīts šķērsfiltrs – interaktīvas diagrammas, kurās iespējams atfiltrēt datu apakškopu. Pēc tam iespējams apskatīt tieši izvēlēto datu apakškopu grafa veidā, kas ļauj precīzāk analizēt izvēlētās interakcijas.

In recent years a lot of research has focused on chromatin interactions – the arrangement of DNA and its associated proteins in the intracellular space. Particular attention has been paid to chromatin regions in direct contact with each other, as these regions can often distinguish specific regulatory elements that determine gene function. Various software tools have been developed to analyse chromatin interaction data, including visualisations that allow a more rapid understanding of the overall information on these interactions. The visualisation developed in this work views chromatin interactions as an undirected graph, with chromatin regions as vertices and their interactions as edges. To demonstrate the main properties of the graph, a crossfilter has been created. It consists of interactive charts which allow the user to select a subset of data. It is then possible to view the selected data as a graph, allowing a more precise analysis of the selected interactions.