Vilku-suņu hibridizācija Latvijā un tās noteikšana ar ģenētiskiem marķieriem

Abstract

Bakalaura darba mērķis bija izpētīt pēc fenotipa atlasītus vilku-suņu hibrīdus Latvijas teritorijā, izmantojot ģenētiskās, autosomālās un mitohondriālās DNS, analīzes metodes. Pēc fenotipa identificēto hibrīdu ģenētiskie dati salīdzināti ar vilku un suņu references grupu datiem. Iegūtas mtDNS sekvenču fragmenti 233 nukleotīdu garumā, kuri savstarpēji salīdzināti, izveidojot UPGMA filoģenētisko koku, kā arī references grupu sekvenču fragmenti salīdzināti ar NCBI datubāzē pieejamām vilku un suņu sekvencēm. Sekvenču fragmentos pārbaudīti trīs literatūrā aprakstīti sugu diferencējoši SNP lokusi. Autosomālo mikrosatelītu marķieru datu analīzē indivīdu kopai veikta klasterizācija vilku, suņu un hibrīdu grupās. Izmantojot autosomālās un mitohondriālās DNS analīžu kombināciju, var ar lielu pārliecību identificēt vai indivīds ir hibrīds, taču vairākos gadījumos, kad pielietota tikai viena veida DNS analīzes metode, netiek iegūti pietiekami pārliecinoši rezultāti, lai veiktu identifikāciju.

The objective of this bachelor’s thesis was to investigate phenotypically identified wolf-dog hybrids in the territory of Latvia, by using genetic, autosomal and mitochondrial DNA, markers. The genetic data of phenotypically identified wolf-dog hybrids was compared against wolf and dog reference data. Mitochondrial sequence fragments, 233 nucleotides in length, were compared parallelly by creating an UPGMA phylogenetic tree. The reference group fragments were also compared with the according wolf and dog fragments available from NCBI database. Three previously published species specific SNP loci in the mitochondrial fragment sequences were analysed. Clustering of wolf, dog, and hybrid groups was done by analysing the mitochondrial microsatellite marker data. Identification of hybrids can be done with increased confidence by using a combination of autosomal and mitochondrial DNA analysis methods, however, when only one method is used, the results are often not convincing enough to make a definite identification.