Daudzziedu airenes raibuma vīrusam līdzīgo daļiņu veidošanās pētījumi

Abstract

Darba mērķis ir pierādīt, ka RGMoV apvalka proteīns E.coli sistēmā neveido vīrusiem līdzīgās daļiņas, jo tam ir liela afinitāte pret DNS. Darba gaitā iegūts pilna garuma RGCP proteīns ar His-tag C-galā, kas attīrīts denaturējošos apstākļos un renaturēts pakāpeniski dializējot. “Gel shift” eksperimenti uzrādīja rekombinantā RGCP augstāku afinitāti pret vienpavediena DNS kā pret vīrusa RNS. Darba rezultātā tika izvirzīta teorija. Vīrusu struktūrproteīni, kas spēcīgi saista DNS, plazmīdu ekspresijas sistēmās neveidos VLD, jo tie traucēs plazmīdu replikācijā un iekodēto gēnu transkripcijā. Šādu VLD iegūšanai jāizmanto hromosomālas ekspresijas sistēmas. Maģistra darbs izstrādāts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā Rekombinanto proteīnu laboratorijā Dr. biol. Andra Zeltiņa, Dr. Biol. Inas Baļķes vadībā, laika posmā 2011.09-2013.05. Atslēgas vārdi: VLD, RGMoV, Sobemovirus, E.coli, nukleīnskābju saistīšana, gēla nukleīnskābes kustības nobīde.

The aim of this work is to prove that the RGMoV coat protein does not form VLPs in E.coli expression systems because it has high affinity towards DNA. Recombinant RGCP was obtained by denaturizing His-tag purification and stepwise refolding. In vitro gel shift assays confirmed that the recombinant RGCP has higher affinity towards DNA than towards specific viral RNA. A theory has been formed that viral structure proteins, exhibiting strong affinity towards DNA, do not form VLPs in plasmid expression systems by interfering with plasmid DNA replication and gene transcription. Therefore it is advised to construct VLDs from such proteins using chromosomal expression systems. The Master’s thesis was carried out at the Latvian Biomedical Research and Study Center at the Recombinant Protein Laboratory under the supervision of Dr. biol. Andris Zeltins, Dr. biol. Ina Balke from September 2011 till May 2013. Keywords: VLP formation, RGMoV, Sobemovirus, E.coli, nucleic acid binding, gelshift assay