Autoimūno slimību ģenētiskā izpēte Latvijas populācijā

Abstract

Autoimūnajām slimībām ir raksturīgi imūnsistēmas darbības traucējumi, kad organisms kā antigēnus uztver savus audus. Šo slimību attīstībā nozīmīga loma ir ģenētiskajiem faktoriem. Pētījumā tika analizēta 24 viena nukleotīda polimorfismu 15 dažādos gēnos asociācija ar sešām Latvijas populācijā izplatītām autoimūnajām slimībām – reimatoīdo artrītu, ankilozējošo spondilītu, pirmā tipa cukura diabētu, psoriāzi, čūlaino kolītu un Krona slimību. Pētījumā izmantoti kopā 840 pacientu un 412 kontroles grupas DNS paraugi. Alēļu frekvences ir iegūtas genotipējot ar reālā laika PCR, izmantojot TaqMan reaģentus. Asociācijas analīze tika veikta ar Fišera testu. Tika novērota TNFA un PTPN22 gēnu asociācija ar pirmā tipa cukura diabētu, PTPN22 gēna asociācija ar reimatoīdo artrītu un jauna CD40 gēna asociācija ar ankilozējošo spondilītu. Iegūtie rezultāti palīdz radīt izpratni par slimību attīstību un virzību, kā arī nākotnē, iespējams, šādi polimorfismi varēs tikt pievienoti slimību diagnostikas gēnu paneļiem.

Atslēgvārdi: autoimūnās slimības, SNP, asociācijas analīze

Autoimmune diseases are characterized by abnormal immune response to body’s healthy tissues. Genetic factors are important in the development of these diseases. In the study association of 24 single nucleotide polymorphisms in 15 different genes with six frequently found autoimmune diseases in Latvian population such as rheumatoid arthritis, ankylosing spondylitis, type 1 diabetes, psoriasis, ulcerative colitis and Crohn’s disease was analysed. In total DNA samples from 840 patients and 412 controls were included in the study. Allele frequencies were obtained by genotyping with real time PCR using TaqMan reagents. Association analysis was performed using Fisher’s exact test. Association was observed between TNFA and PTPN22 gene and type 1 diabetes, PTPN22 gene and rheumatoid arthritis and CD40 gene and ankylosing spondylitis which is novel. These results help to gain insight into development and progress of diseases as well as in the future such polymorphisms could be added to diagnostic gene panels of diseases.

Keywords: autoimmune diseases, SNP, association analysis