Metiljasmonāta ietekme uz Pinus sylvestris L. gēnu ekspresijas profilu

Abstract

Šajā pētījumā noskaidrojām metiljasmonāta ietekmi uz parastās priedes gēnu ekspresijas profilu ar mērķi pārbaudīt tā potenciālu inducētas rezistences veidošanā. Divgadīgus viena klona parastās priedes stādus apstrādājām ar 10 mM metiljasmonāta un pēc divām nedēļām ievācām skuju paraugus. No iegūtajiem paraugiem izdalījām RNS un veicām nāk paaudzes sekvencēšanu ar Ion Torrent PGM platformu, kā arī RT-PCR ekspresijas pārbaudi atsevišķiem gēniem. Sekvencēšanā iegūtos datus analizējām ar RNA-Seq iegūstot paraugos ekspresēto gēnu profilu. Šos rezultātus apkopojām, veidojot gēnu tīklu un iegūstot funkcionalitātes anotācijas. Noskaidrojām, ka apstrāde novirza metabolisma orientāciju no augšanas un attīstības uz aizsardzību. Organisms atrodas inducētā stāvoklī divas nedēļas pēc apstrādes, kas aptiprina metiljasmonāta potenciālu inducētās rezistences veidošanā.

In this research the effect of methyl jasmonate on the gene expression profile of Scots pine was determined in order to assess its potential to induce resistance. Two year old Scots pine ramets were treated with 10 mM methyl jasmonate and needle samples were collected two weeks after treatment. RNA was isolated from samples and transcription profiling was performed using the Ion Torrent PGM platform, as well as RT-PCR expression measurment for selected genes. Sequencing data were analyzed with RNA-Seq and gene expression profiles acquired. These results were summarized in a gene network and using gene functionality annotations. Results revealed that treatment with methyl jasmonate diverts metabolic functions from growth and development to defense. The organism is in an induced state two weeks after treatment, which confirms the potential of methyl jasmonate to cause induced resistance.