Ar holīna liāzi saistīto bakteriālo mikrokompartmentu raksturojums

Abstract

Darba mērķis bija producēt un analizēt ar CutC holīna trimetilamīna liāzi saistītos bakteriālos mikrokompartmentus, pētīt to veidojošo proteīnu savstarpējo mijiedarbību un aktivitāti ar nolūku izprast BMC veidošanās mehānismus, kā arī pētīt kompartmentu veidojošo proteīnu mijiedarbību ar kodola enzīmiem un enzīmu iepakošanas mehānismu. Bakalaura darbā E. coli ekspresijas sistēmā tika iegūti šķīstoši bakteriālo mikrokompartmentu proteīni, kā arī attīrītas un raksturotas bakteriālo mikrokompartmentu daļiņas. Tika pārbaudīta arī bakteriālo mikrokompartmentu proteīnu mijiedarbība ar nozīmīgākajiem bakteriālo kompartmentu enzīmiem. Vairākiem natīvajiem bakteriālo mikrokompartmentu enzīmiem tika pētīta spēja iepakoties daļiņās, no kuriem CutC holīna liāzei vienīgajai tika novērota šāda īpašība. Bakalaura darbs izstrādāts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā, proteīnu kristalogrāfijas laboratorijā MSc.biol. Ginta Kalniņa vadībā.

The main aim of this work was to produce and analyze choline trimethylamine lyase associated bacterial microcompartments, to study the interaction and activity of the proteins that form bacterial microcompartment with the goal to gain insight of the BMC formation and characteristics as well BMC shell protein and core enzyme interaction and enzyme recruiting and encapsulation mechanism. During this study a production of soluble bacterial microcompartment proteins in E. coli expression system was achieved and BMC particles were purified and characterized. The interaction between bacterial microcompartment proteins and the most significant BMC enzymes was also tested. The ability to be enclosed in compartments was tested for some of the native BMC enzymes with CutC choline lyase being the only enzyme with such potential. This study was performed in Latvian Biomedical Research and Study Centre, the laboratory of protein crystallography under supervision of MSc.biol. Gints Kalniņš.