Hepatīta B serdes antigēna vīrusveidīgajās daļiņās spontāni iepakoto RNS noteikšana un raksturošana dažādu E. coli producentu celmos

Abstract

Šajā darbā tika analizētas E. coli producētu HBcAg VVD iepakotās RNS atkarībā no izvēlētās HBcAg ekspresijas plazmīdas un to monomēru vai dimēru formas, izvēlētājiem E. coli celmiem un kultivēšanas barotnes. Pavisam tika analizētas 12 dažādas šo parametru kombinācijas. Tika apskatīti gan kultūru augšanas parametri (kultūru optiskais blīvums un īpatnējā HBcAg produkcija), gan arī analizēta VVD pakotā RNS pēc tās fragmentu garuma un kvalitatīvā sastāva. Trim eksperimenta variantiem arī tika veikta NGS datu analīze. Eksperimenta rezultāti parāda, ka visiem 12 eksperimenta variantiem kvantitatīvi un kvalitatīvi atšķirās VVD iepakotā RNS, bet, lai iegūtu pilnīgāku priekštatu par pakošanas atšķirībām un statistiski pierādītu likumsakarības, būtu jāveic vairāki eksperimenta atkārtojumi.

In this paper, HBcAg VLP packed RNA was analysed, depending on HBcAg expression plasmid used and their monomer or dimer form, chosen E. coli strains and cultivation medium. 12 different combinations of these parameters were analysed. Culture growth parameters (culture optical density and their specific HBcAg production) were examined, as well as VLP packed RNA fragment length and composition. For three experiment variants NGS RNA sequencing data analysis was performed. Results show, that all 12 of variants differ in VLP packed RNA quantity and composition, but further research is needed to thoroughly establish packaging differences between experiment variants. Several repetitions of experiment would also be helpful to prove regularity with good statistical significance.