Atgremotāju klīniskā materiāla Listeria innocua izolātu ģenētiskais raksturojums

Abstract

Silva Gradovska (2019): Atgremotāju klīniskā materiāla Listeria innocua izolātu ģenētiskais raksturojums. Listeria ģints baktērijas ir plaši vidē un pārtikas produktos sastopamas baktērijas, no kurām daļa spēj ierosināt listeriozi. Listeria innocua ir Gram-pozitīva vides baktērija, kas ir radniecīga patogēnajai Listeria monocytogenes. Darba mērķis bija raksturot L. innocua izolātus, kas iegūti no atgremotāju klīniskā materiāla un, izmantojot pilna genoma sekvenēšanu, veikt genoma analīzi. Bakalaura darba izstrādes laikā no 70 Listeria innocua atgremotāju klīniskajiem izolātiem, kas ievākti laika periodā no 2012. līdz 2018. gadam, un no kuriem izdalīta DNS, tika sekvenēti ar Illumina MiSeq. Iegūtajos genomos tika novērtēta galveno Listeria spp. virulences faktoru klātbūtne, salīdzinot ar patogēnās L. monocytogenes virulences faktoriem. Piecos izolātos tika identificētas pilna Listeria patogenitātes saliņas-3 gēnu klasteris. Galvenais PrfA regulējošais virulences gēnu klasteris netika konstatēts nevienā no L. innocua izolātiem.

Silva Gradovska (2019): Genetic characterization of Listeria innocua isolates from ruminants clinical material. Listeria is a genus of bacteria that is widely found in the environment and in food, some of which are capable of causing listeriosis. Listeria innocua is a Gram-positive environmental bacterium that is related to the pathogenic Listeria monocytogenes. The aim of the work was to characterize Listera innocua isolates from ruminant clinical material to perform full genome analysis using whole genome sequencing technologies. During the elaboration of the bachelor's thesis, from 70 Listeria innocua ruminant clinical isolates, collected from 2012 to 2018, DNA was extracted and sequenced using Illumina MiSeq. Genomes were evaluated for Listeria spp. presence of virulence factors compared to virulence factors of pathogenic Listeria monocytogenes. Full Listeria pathogenicity island – 3 gene cluster was identified in five samples. The major PrfA regulatory virulence gene cluster was not detected in any of Listeria innocua isolates.