Biomolecular characterization of the ancient microbiome in archaeological samples in Latvia

Abstract

Senā cilvēka mikrobioma izpētes joma pēdējo gadu laikā ir strauji attīstījusies. Mūsdienu sekvencēšanas tehnoloģijas ļauj mums piekļūt vērtīgai informācijai par vēsturiskām mikroorganismu kopām. Līdz šim nav veikti pētījumi par vēsturisko mikrobiomu Latvijas arheoloģiskajos paraugos. Savā darbā esmu pētījusi senās DNS (aDNS) datu kopas un mikrobioma sastāvu arheoloģiskos pēcviduslaiku cilvēka kaulu, zobu un zobakmens paraugos Latvijā, Ziemeļeiropā, kas ir datēti ar mūsu ēras 15.–17.gadsimtu. Kopumā šajā darbā tika pētīts vēsturiskais cilvēka mikrobioms, novērtēta seno biomolekulu saglabāšanas pakāpe dažādos pēcviduslaiku arheoloģiskajos paraugos un raksturota iespējamā apbedījumu vides mikroorganismu DNS ietekme uz seno mikrobiomu rekonstrukciju. Ar seno mikrobiomu saistīto datu uzkrāšana veicina šīs pētniecības jomas progresu.

The area of ancient human microbiome research has evolved rapidly over the past few decades. Modern sequencing technologies enable us to access the valuable information about historic microbial communities. Until now there have been no studies on historic microbiome in archaeological samples from Latvia. Within my work, I have investigated ancient DNA (aDNA) datasets and microbiome composition of human postmedieval archaeological bone, tooth and dental calculus samples in Latvia, Northern Europe, dated 15th–17th century AD. Overall, this work explored the historic human-related microbiota, preservation of ancient biomolecules in different postmedival archaeological samples, and a possible impact of the burial environment and environmental DNA on ancient microbiome reconstruction. Accumulating ancient microbiome-related data contribute to the progress of this research area.