Fokālas kortikālas displāzijas ģenētisko faktoru izpēte un raksturošana
Zusammenfassung
Fokāla korikāla displāzija ir viens no biežākajiem smagas bērnu epilepsijas cēloņiem, kura molekulārie un ģenētiskie faktori nav pilnībā noskaidroti. Šī darba mērķis bija raksturot fokālas kortikālas displāzijas ģenētiskos faktorus, kas izraisa galvas smadzeņu malformāciju Latvijas pacientiem ar ķirurģiski ārstētu epilepsiju. Lai sasniegtu šo mērķi, tika izmantotas tādas metodes kā dziļa visa eksoma un RNS sekvencēšana. Ģenētisko faktoru identifikācija tika veikta izmantojot SEQR platformu, MosaicHunter un EnFusion rīku. Kopumā tika analizēti SEQR platformā deviņi dziļa eksoma dati un ar MosaicHunter rīku – 1183 ģenētiskie varianti, no kuriem netika identificēti nozīmīgi kandidātvarianti. Savukārt ar EnFusion rīku tika identificēti 10 hibrīdgēni, kuru komponentgēni ir saistīti ar epilepsiju, CNS attīstību vai šūnu proliferāciju. The title of this master's thesis is “Investigation and characterisation of genetic factors in focal cortical dysplasia”. Focal cortical dysplasia is a common cause of severe epilepsy in children, yet its molecular and genetic basis remains poorly understood. This study aimed to investigate the genetic factors underlying focal cortical dysplasia in Latvian patients with surgically treated epilepsy. Deep whole exome and RNA sequencing were applied for analysis. Genetic variants were evaluated using the SEQR platform, MosaicHunter and EnFusion tool. Nine deep exome datasets were analysed in SEQR, and 1183 variants were screened with MosaicHunter; however, no significant candidate variants were identified. The EnFusion tool identified 10 hybrid genes whose component genes are associated with epilepsy, CNS development or cell proliferation.