Sistēmas izstrāde Hi-C datu analīzei

Abstract

Kvalifikācijas darbā ir aprakstīta sistēmas izstrādes dokumentācija, kas ļauj pētīt Hi-C datu topoloģiju bioinformātikas projekta "Hromatīna interakciju tīklu struktūras izpēte" ietvaros. Aprakstītā sistēma sastāv no bibliotēkas Hi-C datu analīzei, kas atrod dažādus topoloģiskos elementus un analizē tos, kā arī no interaktīvās vizualizācijas, kas ļauj apskatīt analīzes rezultātus. Darbā ir aprakstīta sistēmas funkcionalitāte un izmantotie algoritmi topoloģisku elementu meklēšanai un analīzei. Sistēma ir izstrādāta Python valodā, vizualizācija ir izstrādāta ar Javascript valodas DC.js bibliotēkas Crossfilter tehnoloģiju.

This qualification thesis describes the development of a system and its documentation. The system lets users study Hi-C data topology within the context of a bioinformatics research project “Chromatine interaction network structural analysis”. The system consists of a Python library for Hi-C data analysis which finds and analyzes topological elements and an interactive visualization which lets users view the analysis results. System functionality and algorithms used are described in this work. The system was developed in Python, while the visualization was developed with crossfilter technology using the Javascript DC.js library.