Impact of various factors on the diversity of soil microorganisms in agricultural and forest soils

Abstract

Darba mērķis bija raksturot augsnes saprofītisko baktēriju un micēlijsēņu populācijas mērenā klimata augsnēs, izvirzot hipotēzi, ka augsnes mikroorganismu populāciju struktūra un daudzveidība ir atšķirīga dažādos zemes lietošanas veidos un sezonāli mainīgos klimatiskajos apstākļos, un ka vairākas analīžu metodes dod salīdzināmus rezultātus. Pirmkārt, augsnes saprofītisko micēlijsēņu un baktēriju populāciju kvantitatīvā analīze tika veikta, izmantojot klasiskās mikrobioloģijas metodes, t.i., mikroorganismu koloniju veidojošo vienību skaita noteikšana; mikroskopisko micēlijsēņu izolēšana, identifikācija un daudzveidības noteikšana. Otrkārt, tika izmantotas molekulārās bioloģijas metodes - baktēriju un sēņu daudzveidības noteikšana ar amplificētās rDNS restrikcijas analīzi; qPCR; sēņu tīrkultūru identifikācija, izmantojot rDNS ITS1-5.8S-ITS2 reģionu. Treškārt, tika noteiktas Penicillium ģints izolātu antagonistiskās īpašības pret Heterobasidion annosum izolātiem in vitro.

The aim of study was to characterize populations of soil bacteria and fungi in temperate climate soils. A hypothesis was proposed that soil microbial population structure and diversity is different in various land use types and in seasonally changing conditions, and that several methods give comparable results. First, quantitative analysis of populations of saprophytic soil fungi and bacteria were performed using classical microbiology methods, i.e., enumeration of microbial colony-forming units; isolation, identification and estimation of diversity of filamentous fungi. Second, methods of molecular biology were used, i.e., estimation of bacterial and fungal diversity with amplified rDNA restriction analysis; qPCR; identification of fungal isolates using sequencing of rDNA region ITS1-5.8S-ITS2. Third, antagonistic properties of isolates from Penicillium genus against Heterobasidion annosum isolates in vitro were measured.