MODY tipa diabētu izraisošo variantu identifikācija un interpretēšana Latvijas populācijā

Abstract

Cukura diabēts bērnu un jauniešu vecumā jeb MODY ir monogēns cukura diabēta tips ar autosomāli dominantu pārmantošanās tipu un augsti heterogēnu fenotipu, kas rada izaicinājumus tā precīzā diagnosticēšanā. Bakalaura darba mērķis bija detektēt potenciāli patogēnus ģenētiskos variantus un gēnus, kuriem varētu būt loma MODY fenotipa attīstībā, izmantojot pilna genoma sekvencēšanu probandiem ar neprecizētu cukura diabēta diagnozi. Ģenētiskie varianti, kas lokalizēti MODY un otrā tipa diabēta gēnos, kuriem varētu būt saistība ar MODY fenotipu, tika detektēti 26 probandos no 44 pētījumā iesaistītajiem. Divus ģenētiskos variantus bija iespējams klasificēt kā patogēnus pēc ACMG standartiem un rekomendācijām; šie varianti atbilst GCK-MODY apakštipam. Citos gēnos detektētiem potenciāliem kaitīgajiem ģenētiskajiem variantiem nebija tiešas sasaistes ar glikozes un insulīna metaboliskajiem procesiem, un tie neizskaidroja diabēta fenotipu probandiem. Darbs izstrādāts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā Cilvēku ģenētikas un slimību patoģenēzes mehānismu pētniecības grupas ietvaros no 2022. gada septembra līdz 2023. gada maijam.

Maturity-onset diabetes of the young or MODY is a monogenic type of diabetes with an autosomal dominant inheritance pattern and a highly heterogeneous phenotype, which creates challenges for its accurate diagnosis. The aim of the bachelor thesis was to detect potentially pathogenic genetic variants and genes that could play a role in the development of the MODY phenotype using the whole genome sequencing in probands with an unspecified diabetes mellitus diagnosis. Genetic variants localized in MODY and type 2 diabetes genes, which could have an association with MODY, were detected in 26 probands out of 44 included in the study. Two genetic variations were classified as pathogenic according to ACMG standards and guidelines; these variants correspond to the GCK-MODY subtype. Potentially deleterious genetic variants detected in other genes had no direct association with glucose and insulin metabolic pathways and did not explain the diabetic phenotype in the probands. The work was carried out in the Latvian Biomedical Research and Study Centre in the Human genetics and disease mechanisms research group from September 2022 to May 2023.