Mazo RNS raksturošana ārpusšūnas vezikulās, kas iegūtas no prostatas vēža pacientu urīna un plazmas paraugiem

Abstract

Ārpusšūnas vezikulas (EVs) nodrošina starpšūnu komunikāciju fizioloģiskos procesos un dažādās saslimšanās, ieskaitot ļaundabīgos audzējus. EV RNS satura izpēte dotu iespēju atklāt jaunus prostatas vēža (PCa) biomarķierus. Šis darbs tiek fokusēts uz mazo RNS raksturošanu, kas iegūtas no PCa pacientu plazmas un urīna EVs, kā arī no PCa un normāliem prostatas audiem, izmantojot RNS sekvencēšanu. Rezultāti uzrādīja, ka gan plazmas, gan urīna EVs satur matrices RNS fragmentus, mikro RNS, garās-nekodējošās RNS, piwi-saistošās RNS un citas nekodējošās RNS, taču to proporcijas ievērojami variē starp indivīdiem. Daļa šo RNS ir paaugstināti ekspresētas vēža audos un varētu būt piemērotas kā PCa biomarķieri. Divas mikro RNS tika izvēlētas validācijai ar RT-qPCR, kas apstiprināja to piemērotību kalpot kā PCa biomarķieriem.

Extracellular vesicles (EVs) mediate intercellular communication in physiological processes and various diseases, including cancer. Studying EV RNA content would allow finding new prostate cancer (PCa) biomarkers. This work focuses on characterization of small RNA content of EVs isolated from plasma and urine of PCa patients, and tumor and non-tumor prostate tissues using RNA sequencing. Results showed that both, plasma and urinary EVs contain messenger RNA fragments, micro RNAs, long non-coding RNAs, piwi-interacting RNAs and other non-coding RNAs, however their proportions vary immensely between individuals. A fraction of these RNAs are overexpressed in tumor tissue and may represent novel PCa biomarkers. Two of these micro RNAs were chosen for validation using RT-qPCR that confirmed their suitability as PCa biomarkers.