Endofītiskās mikrobiotas pārstādīšanas metodikas izstrāde un pielietošana savvaļas melnā plūškoka (Sambucus nigra L.) ogu ķīmiskā sastāva ietekmēšanai

Abstract

Maģistra darbā tika izmantota HPLC ķīmijas analīze, kā arī 16S un ITS gēnu fragmentu sekvencēšana, lai pētītu melnā plūškoka Sambucus nigra L. negatavu ogu un sakņu ķīmisko sastāvu un tā saistību ar endofītisko mikrobiotu. Tāpat arī tika pētītas un attīstītas endofītiskās mikrobiotas inokula sagatavošanas, ilgstošas uzglabāšanas un transplantācijas metodes un pārbaudīta endofītiskās mikrobiotas transplantācijas efektivitāte savvaļas plūškokos. Kopumā pētītais melnā plūškoka ķīmiskais profils nekorelē ar taksonomisko profilu, propīdija monoazīda metodes (PMA) izmantošana efektīvi atfiltrē augu nolasījumus no bakteriālajiem 16S nolasījumiem, inokulu uzglabāšanas laiks būtiski neizmaina mikrobiotas sabiedrību inokulos. Šajā pētījumā nav bijusi veiksmīga endofītiskās mikrobiotas transplantācija savvaļas plūškokos, taču atklājas potenciāls ģeogrāfiskās lokācijas efekts, kas varētu ietekmēt plūškoka ogu endofītisko sabiedrību sastāvu.

The master’s thesis used HPLC chemical analysis, as well as 16S and ITS gene fragment sequencing to study the chemical composition of unripe berries and roots of black elderberry Sambucus nigra L. and its relationship with endophytic microbiota. Methods for the preparation, long-term storage and transplantation of endophytic microbiota inoculum were also studied and developed, and the efficieny of endophytic microbiota transplantation in wild elderberries was tested. Overall, the studied chemical profile of black elderberry does not correlate with the taxonomic profile, the use of the propidium monoazide method (PMA) effectively filters out plant reads from bacterial 16S reads, and the storage time of inocula does not significantly change the microbiota communities in the inocula. In this study, endophytic microbiota transplantation into wild elderberries was not successful, but a potential geographical location effect is revealed, which could affect the composition of endophytic communities in elderberry berries.