Dihidropiridīnu amfifīlu molekulāro agregātu datormodelēšana

Abstract

Dihidropiridīnu amfifīlu molekulāro agregātu datormodelēšana. Autors Danne R., zinātniskie vadītāji prof. Duburs G., Dr. Bunker A. un Dr. Kļimenkovs I. Maģistra darbs, 41 lappuses, 20 attēli, 77 literatūras avoti, 2 pielikumi. Angļu valodā. KRITISKĀ MICELLU KONCENTRĀCIJA, ISRAELACHVILI, PAKOŠANĀS KOEFICIENTS, DIHIDROPIRIDĪNI, MOLEKULĀRĀ DINAMIKA, LIPĪDI, MEMBRĀNAS, LIPOSOMAS, MICELLAS Darbā veikts literatūras apskats par kritisko micellu koncentrāciju un amfifīlu molekulāro agregātu veidošanos (to skaitā micellu un liposomu). Veikti kritiskās micellu koncentrācijas noteikšanas eksperimenti četriem 1,4-dihidropiridīna atvasinājumiem, izmantojot virsmas spraiguma mērīšanu.

Darba gaitā pārparametrizēti OPLS-AA spēka lauka lādiņi, izmantojot ab initio kvantu ķīmijas aprēķinus un sagatavota Gromacs topoloģija 1,1’-[(3,5-didodeciloksikarbonil-4-fenil-1,4-dihidropiridīn-2,6-diil)-idimetilēn]-bispiridīnija dibromīdam, kas tālāk tiks izmantota amfifīlu bislāņa membrānas molekulārās dinamikas simulācijās.

Uzbūvēts lipīdu bislāņa modelis, kas sastāv no 88 dioleilfosfatidiletanolamīna un 40 1,1’-[(3,5-didodeciloksikarbonil-4-fenil-1,4-dihidropiridīn-2,6-diil)-idimetilēn]-bispiridīnija dibromīda molekulām, kā arī veikta sākotnējā jaunās topoloģijas testēšana, izmantojot šo modeli.

Computer modelling of dihydropyridine amphiphile molecular aggregates. Danne R., research supervisors prof. Duburs G., Dr. Bunker A. and Dr. Kļimenkovs I. Master thesis, 41 pages, 20 figures, 77 literature references, 2 appendices. In English. CRITICAL MICELLE CONCENTRATION, ISRAELACHVILI, PACKING PARAM- ETER, DIHYDROPYRIDINE, MOLECULAR DYNAMICS, LIPID MEMBRANES, LI- POSOMES, MICELLES In this work is given a literature survey about Critical Micelle Concentration and amphiphile self-assembly in micelles and vesicles. Experiments for CMC determination for four dihydropyridines using surface tension measurements were performed. These results and information from literature were used to base our decisions about Molecular Dynamics simulation set-up. We have reparametrized OPLS-AA forcefield charges based on Quantum Mechanical calculations to fit our system. Gromacs topology for cationic 1,1'-[(3,5-didodecyloxycarbonyl- 4-phenyl-1,4-dihydropyridine-2,6-diyl)-dimethylene]- bispyridinium dibromide was prepared. It is planned to be used in membrane bilayer Molecular Dynamics simulation. Model membrane consisting of 88 dioleylphosphatidylethanolamine and 40 1,1'-[(3,5- didodecyloxycarbonyl-4-phenyl-1,4-dihydropyridine-2,6-diyl)-dimethylene]-bispyridinium dibromide molecules was built. We have done initial testing of the new topology using this membrane model.