Vairāku sekvenču izlīdzināšanas metožu salīdzinājums

Abstract

Šajā maģistra darbā paredzēts izpētīt, aprakstīt un salīdzināt dažādas praksē pieejamas vairāku sekvenču izlīdzināšanas metodes. Darbā tiek aprakstīti vairāku sekvenču izlīdzināšanas metožu galvenie pielietojumi bioinformātikā, biežāk sastopamie algoritmi, kuri tiek izmantoti darbā tālāk apskatītajās programmā. Īsi aprakstītas atvērtā koda programmas, kuras industrijā tiek izmantotas visbiežāk. Maģistra darba ietvaros veikts praktisks pētījums par šo metožu priekšrocībām un trūkumiem. Salīdzinājums veikts gan uz reāliem datu masīviem, gan simulētiem, lai spētu pēc iespējas daudzpusīgāk salīdzināt pieejamo programmatūru. Veikta iegūto rezultātu grafiska atspoguļošana un analīze par novērojamajām tendencēm un programmu īpašībām, kā arī veikts salīdzinājums ar citu pētnieku iepriekš publicētajiem rezultātiem.

This master's thesis is intended to study, describe, and compare various methods of Multiple Sequence Alignment available. The paper describes the main applications of several Multiple Sequence alignment software in bioinformatics, the most common algorithms used in the following software. Shortly described the open-source software most used in the industry. Within the framework of the master's thesis, a practical study of the advantages and disadvantages of these methods has been carried out. The comparison is made on both real data and simulated data to be able to compare the available software as much as possible. Shown graphical presentation of the obtained results and analysis of the observed trends and characteristics of the programs and comparison made with other researcher results published before.