Sēņu bioloģiskās daudzveidības pētīšana dzeramajā ūdenī, izmantojot terminālo restrikcijas fragmentu garuma polimorfisma (t-RFLP) un kvantitatīvo polimerāzes ķēdes reakcijas (qPCR) metodi

Abstract

Maģistra darbā “Mikroskopisko sēņu bioloģiskās daudzveidības pētīšana dzeramā ūdens paraugos, izmantojot terminālo restrikcijas fragmentu garuma polimorfisma (T-RFLP) un kvantitatīvo polimerāzes ķēdes reakcijas (qPCR) metodi” autors pēta mikroskopisko sēņu daudzveidību dzeramā ūdens paraugos, izmantojot divas dažādas molekulārās metodes: terminālo restrikcijas garuma polimorfisma (T-RFLP) un kvantitatīvās polimerāzes ķēdes reakcijas (qPCR) metodi. Darba mērķis ir precīzi un ātri noteikt sēņu daudzveidību dzeramā ūdens paraugos. Lai sasniegtu darbā izvirzīto mērķi, tika pārbaudīti dažādi praimeru un enzīmu pāri T-RFLP metodei, lai pēc tam pētītu un analizētu sēņu daudzveidību un līdzības dažādos dzeramā ūdens paraugos. Darba gaitā tika izveidoti jauni oligonukleotīdu praimeri un zondes qPCR metodei, kas piemēroti sēņu amplificēšanai un kvantificēšanai dzeramā ūdens paraugos. Darba rezultātā tika atrasts piemērots praimeru un enzīmu pāris T-RFLP metodei sēņu daudzveidības pētīšanai, izveidoti trīs oligonukleotīdu praimeru pāri un divas zondes, kas piemērotas sēņu kvantificēšanai ar qPCR metodi dzeramā ūdens paraugos. Maģistra darbs izstrādāts KWR Watercycle Research Institute (Nīderlande), sadarbojoties ar Ph.D. Paul van der Wielen 2013./2014. m.g. Atslēgvārdi: Dzeramais ūdens. Sēņu daudzveidība. T-RFLP. qPCR.

In “Studying fungal communities biodiversity in drinking water using terminal restriction fragment length polymorphism (T–RFLP) and quantitative polymerase chain reaction (qPCR) method” author explored the characteristics of fungal communities in drinking water by using two different molecular methods: T-RFLP and qPCR analysis. The aim of this study was to accurately and rapidly assess fungal communities biodiversity in drinking water samples in the Netherlands with T-RFLP and qPCR. Following objectives were defined to reach the aim of this work. The first objective of this study was to find and test currently used fungal primers and enzyme systems for T-RFLP method to analyse the fungal diversity and similarity between drinking water samples and develop relevant questions for fungal biodiversity in drinking water samples. The second objective of this study was to develop and design new oligonucleotide qPCR primers and probes that could amplify and quantify the 18S rRNA genes of fungi in drinking water samples. During the work it was possible to find appropriate fungal primer and enzyme system for T–RFLP method and develop qPCR technique for the analysis of fungi in drinking water samples. The Master Thesis was performed in KWR Watercycle Research Institute (the Netherlands) in cooperation with Ph.D. Paul van der Wielen during the 2013/2014 academic year. Keywords: Drinking water. Fungal biodiversity. T–RFLP. qPCR.