Kolistīna rezistento Escherichia coli baktēriju rezistences raksturojums, izmantojot mikrobioloģiskās un molekulārās bioloģijas metodes

Abstract

Darba mērķis bija izpētīt Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskajā institūtā "BIOR" izolētas multirezistentas Escherichia coli kultūras, nosakot gēna mcr-1 un plazmīdu klātbūtni pret kolistīnu rezistento kultūru paraugos. Bakalaura darbs izstrādāts no 2016. gada februāra līdz 2016. gada maijam Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskajā institūtā “BIOR” Dzīvnieku slimību diagnostikas laboratorijā, mikrobioloģijas un virusoloģijas nodaļās un Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā (BMC), Rekombinantu biotehnoloģijas grupā. Pētāmie paraugi tika iegūti no lauksaimniecības dzīvniekiem un pārtikas produktiem 2014. un 2015. gada VPP (Valsts pētījumu programmas) “AgroBioRes” projekta ietvaros. Kopā tika apstrādāti 15 kolistīna rezistenti E.coli kultūru paraugi. Kolistīna rezistence tika noteikta ar minimālās inhibējošās koncentrācijas metodi, bet 7 paraugiem ar polimerāzes ķēdes reakcijas metodi tika noteikta mcr-1 gēna klātbūtne. Ar četriem dažādiem Escherichia coli specifiskiem bakteriofāgiem tika noteikta to spēja lizēt kolistīna rezistentās baktērijas, trīs no četriem bakteriofāgiem uzrādīja spēju lizēt vairākas kolistīna rezistentās kultūras. Pētījuma gaitā divās kolistīna rezistentajās Escherichia coli baktēriju kultūrās tika konstatēta bakteriofāgu klātbūtne. Atslēgvārdi: kolistīna rezistence, mcr-1 gēns, transformācija, bakteriofāgi

Aim of the work was to research isolated multiresistent Escherichia coli cultures, determining mcr-1 gene and plasmid presence from colistin resistant cultures, which were collected by Institute of Food Safety, Animal Health and Environment "BIOR". Bachelor thesis was carried out from February 2016 to May 2016 in Institute of Food Safety, Animal Health and Environment "BIOR", Animal Disease Diagnostic Laboratory, Virology Division, Microbiology and Virology Departments and in Latvian Biomedical Research and Study Centre "BMC" group of Recombinant biotechnology. Samples were obtained from livestock and food products from 2014. to 2015. year in VPP (National Research programm) “AgroBioRes” project. There were processed 15 colistin resistant E.coli culture samples. Colistin resistance were detected using MIC method, but in 7 samples by polymerase chain reaction were determined mcr-1 gene. Four different Escherichia coli specific bacteriophages were used to research their ability to lyse colistin resistant bacteria, three bacteriophages could lyse different colistin resistant cultures. During research in two colistin resistant Escherichia coli bacterial cultures were determined presence of bacteriophages. Keywords: colistin resistance, mcr-1 gene, transformation, bacteriophages.