Nākamās paaudzes sekvencēšanas datu analīze un validācija nukleotīdu atkārtojumu skaita palielinājuma slimībām - Veite, Laura (Latvijas Universitāte, 2023)
ExpansionHunter ir in silico programmatūra, kas tika izstrādāta 2017. gadā, lai analizētu WGS datus, un veiktu STR genotipēšanu, nepielietojot PCR tehnoloģijas. Šī darba mērķis bija analizēt NGS datus izmantojot in silico programmatūru ExpansionHunter un validēt iegūtus datus ar molekulārās bioloģijas laboratorijas metodēm. Lai sasniegtu šo mērķi, tika izmantotas tādas metodes kā DNS genotipēšana, TP-PCR, Sangera sekvenēšana un agarozes gēla elektroforēze. Darba laikā tika izvērtēta ExpansionHunter precizitāte, uzticamība un spēja noteikt patoloģisku nukleotīdu atkārtojumu skaita palielināšanos, un veikta metožu optimizācija, CCHS un DM2 diagnostikai. Kopumā tika analizēti 66 indivīdu WGS dati, ar 2046 lokusiem, no kuriem 27 lokusi tika validēti un diviem pacientiem tika apstiprināta SCA2 diagnoze.

ExpansionHunter is an in silico software developed in 2017. to analyse WGS data and perform STR genotyping without PCR technologies. The aim of this bachelor’s project was to analyse NGS data using the in silico tool ExpansionHunter and to validate the obtained data using molecular biology laboratory methods. To achieve this goal, methods such as DNA genotyping, TP-PCR, Sanger sequencing and agarose gel electrophoresis were used. The accuracy, reliability and capability of ExpansionHunter tool to detect pathogenic nucleotide repeat expansions were evaluated and methods for molecular diagnosing of CCHS and DM2 were optimised. A total of 66 individual WGS data, containing 2046 loci, were analysed, of which 27 loci were validated and two patients were confirmed to have SCA2.
Next-generation sequencing data analysis and validation for nucleotide repeat diseases
Keywords: Bioloģija; ExpansionHunter; nukleotīdu atkārtojumu skaita palielinājumu slimības; WGS; CCHS; DM2