Cilvēka asins metatranskriptoma un transkriptoma analīze kairinātu zarnu sindroma pacientos un veselos indivīdos - Jagare, Lauma (Latvijas Universitāte, 2023)
Pēdējā laikā pētījumi liek pārskatīt priekšstatu par asinīm kā sterilu vidi, tomēr nav skaidrs, vai asinis var uzskatīt par patiesa mikrobioma apdzīvotu nišu. Darba mērķis bija analizēt asins mikrobioma sastāvu, iespējamo gēnu ekspresiju un asociācijas ar kairinātu zarnu sindromu (KZS), veicot 24 KZS pacientu un 29 veselu brīvprātīgo asins paraugu analīzi. Asinīs tika konstatētas mikrobiālas izcelsmes RNS. To taksonomiskais sastāvs netika drošticami identificēts, bet tika secināts, ka KZS pacientu asinīs ir bagātīgāk pārstāvētas 10 baktēriju ģintis, kuru lielākā daļa pieder pie Clostridiales kārtas un Firmicutes tipa. Netika pierādīta aktīva gēnu transkripcija. Cilvēka gēnu ekspresijas analīze atklāja, ka KZS pacientiem ir palielināta eskpresija vairākiem gēniem, kas tiek saistīti ar sāpju mediāciju un imūnsistēmas darbību.

Emerging evidence has questioned the concept of blood as a sterile environment but question remains whether blood can be considered a habitat for permanent microbiome. The aim of this study was to analyse composition of blood microbiome, gene expression, and associations with the irritable bowel syndrome (IBS) by analysing blood samples from 24 IBS patiens and 29 healthy volunteers. Microbial RNA was detected in the blood. Definite taxonomic composition was not established, but 10 bacterial genera were found to be more abundant in IBS patients, most of which belong to the order Clostridiales, phylum Firmicutes. Active gene transcription was not proved. Analysis of human gene expression revealed upregulated expression of several genes in IBS patients, which are associated with pain mediation and immune response.
Blood metatranscriptome and transcriptome analysis in irritable bowel syndrome patients and healthy individuals
Keywords: Bioloģija; asins mikrobioms; metatranskriptoms; transkriptoms; kairinātu zarnu sindroms