Subtelomēru rajona hromatīna struktūras izmaiņu noteikšana ar qPCR

Abstract

Cilvēka subtelomēri ir izteikti polimorfiski un ir ar vislielāko gēnu blīvumu visā genomā. Subtelomēru sekvences pārmaiņas ir saistītas ar mentālo atpalicību, ļaundabīgām hematoloģiskajām slimībām, atkārtotiem spontānajiem abortiem un citām slimībām. Tādēļ subtelomēru reģiona pārmaiņu konstatēšana ir svarīga klīniskās izpētes sastāvdaļa. Subtelomēru pētniecībā galvenokārt tiek pielietotas divas metodes: FISH un SAT. Šajā darbā tika aprakstīta qPCR metode subtelomēru analīzei, kas, teorētiski ir lētāka, ātrāka un precīzāka alternatīva FISH un SAT metodēm. Darbā apraksta qPCR metodes pielietošanu, Y hromosomas p pleca subtelomēru reģiona pārmaiņu pētīšanai, 34 DNS paraugiem, kas iegūti no neauglīgiem vīriešiem. Kā arī, lai pārbaudītu metodes efektivitāti, analizēti 5 DNS paraugi, kas iegūti no „Bērnu klīniskās universitātes slimnīcas” un kuriem jau ir konstatētas subtelomēru delēcijas, pielietojot FISH metodi. No pieciem DNS paraugiem, kuros tika konstatētas delēcijas ar FISH, četros, ar qPCR metodi tās arī tika detektētas. Kas pierāda to, ka metode var pielietot subtelomēru pārmaiņu pētniecībā. Pētot 34 paraugus, kas tika iegūti no neauglīgiem vīriešiem, 7 tika detektētas delēcijas un 1 tika detektēta duplikācija.

Human subtelomeres are highly polymorphic and with the highest gene density throughout the genome. Subtelomere sequence changes are associated with mental retardation, haematological malignancies, miscarriages and other diseases. Therefore subtelomere region change detection is an important part of clinical trials. For subtelomere research there are two basic methods: FISH and SAT. In this work is given a description of qPCR method of subtelomere analysis which, in theory, is cheaper, faster and more accurate alternative fo FISH and SAT methods. Here is given a qPCR methods description for Y chromosomes p shoulders subtelomere regions change analysis for 34 DNA samples taken from infertile men. As well as to check the efficiency of the method, five DNA samples, obtained from the „Bērnu klīniskās universitātes slimnīca” and which already have been identified to have subtelomere region deletions using FISH method, were analyzed. From those five DNA sample, which have already been identified by FISH to have deletions, in four samples the deletions were also detected using qPCR method. Which shows that the method can be applied for subtelomere change research. Researching the 34 samples that were obtained from infertile men, 7 were detected to have deletions an 1 was detected to have duplication.