Taksonomiskās izmaiņas zarnu mikrobioma sastāvā, lietojot metformīnu, pacientiem ar 2.tipa cukura diabētu

Abstract

Metformīns ir medikaments, kurš tiek plaši izmantots 2.tipa cukura diabēta (T2D) ārstēšanā un kura lietošanas laikā būtiski izmainās cilvēka zarnu mikrobioma baktēriju daudzveidība. Bakalaura darba mērķis bija raksturot ar metformīna īstermiņa terapiju asociētās taksonomiskās kompozīcijas izmaiņas zarnu mikrobiomā jaundiagnosticētiem T2D pacientiem. No 23 iesaistīto T2D pacientu fēču paraugiem tikai izdalīta mikrobiālā DNS, veikta mazās ribosomālās subvienības gēna (16S rRNS) V3 reģiona taksonomiskās kompozīcijas analīze ar lielapjoma paralēlo sekvenēšanu. Rezultātā novērota statistiski būtiskas atšķirības β-daudzveidībā un fenotipa specifiskas izmaiņu tendences baktēriju iekšējā daudzveidībā. Darbs tika veikts no 11.2016. līdz 05.2018. Latvijas Biomedicīnas un studiju centrā.

Metformin is widely used drug for type 2 diabetes mellitus (T2D) treatment with significant impact on bacterial diversity in human gut microbiome. The aim of this work was to characterize changes of taxonomic composition associated with short term metformin treatment of newly diagnosed patients with T2D. Microbial DNA was extracted from stool samples provided by 23 patients and analysis of small ribosomal subunit gene (16S rRNA) V3 region through massive parallel sequencing was performed. Samples showed significant differences in β-diversity and fenotype specific changes in the inner diversity. Work was carried out in Latvian Biomedical Research and Study Centre during the period from 11.2016. to 05.2018.