Cat gēna transkripcijas starta saita noteikšana plazmīdās ar dažādu IS10 transpozonu lokalizāciju

Abstract

Insercijas secības (IS) ir transpozētspējīgas sekvences, dēļ kuras var notikt genomiskā pārkārtošanās, kā rezultātā var tikt aktivēti citi gēni. Baktērijās šis fenomens ļauj aktivizēt antibiotiku rezistences kodējošos gēnus. Šī darba mērķis bija noskaidrot cat gēna transkripcijas starta saitu jeb +1 RNS plazmīdās ar dažādu IS10H lokalizāciju, vienlaikus optimizējot Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) metodi. Tika izmantoti Escherichia coli celmi, kas bija transformēti ar plazmīdu DNS. No transformantiem tika izdalīta mRNS ar kuru tika veikta RACE metode. Sekvencēšanas rezultāti parādija, ka izmantotā metode bija efektīva, lai iegūtu 5’-galu no transkriptiem. Izdalītajos paraugos apstiprinājās viens +1 RNS, bet citos +1 lokalizācija ir bijusi atšķirīga, kas, iespējams, norāda uz degradētu mRNS 5’-galu.

Insertion sequences (IS) are transposable sequences, that can cause rearragements in the genome. As a result silent genes might get expressed. In bacteria this fenomena can activate antibiotic resistence coding genes. The aim of this thesis is to find cat transcription start site (+1 RNA) in plasmids with different IS10H localization while optimizing Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) method. Escherichia coli strains were used that were transformed with plasmid DNA, from which mRNA was extracted. mRNA was used to optimize the RACE method. Sequencing results show, that the method used was effective to obtain 5’-ends of the transcripts. One +1 RNA was found in two transcripts, but others had IS10 inserted in different locations, which might show the degradation of 5’-end of the mRNA