Ārpusšūnu cirkulējošo nukleīnskābju izpēte hipofīzes adenomas pacientos

Abstract

Līdz šim literatūrā nav ziņojumu par ccfDNA un cirkulējošo miRNS izpēti HA pacientu plazmā. Darbā tika novērtēta iespējamība detektēt HA izcelsmes ccfDNA plazmā, veicot mērķētu NGS pozīcijās, kuras saturēja HA somatiskās mutācijas, un veikts pētījums par miRNS sastāva izmaiņu detektēšanu plazmā 24 stundas pēc HA rezekcijas. HA eksomos atklātās somatiskās mutācijas tikai detektētas septiņās no 16 pārbaudītajām pozīcijām ccfDNA amplikonos. Divās ccfDNA pozīcijās mutantā alēle bija vairāk nekā 2% no kopējā nolasījumu skaita, kas varētu liecināt par šo ccfDNA izcelsmi no HA. Piecās pozīcijās no diviem HA pacientiem mutantās alēles īpatsvars ccfDNA bija ap 50%, kaut gan šīs mutācijas netika konstatētas leikocītu DNS. miRNS sastāvs plazmā pēc HA rezekcijas, bija statistiski būtiski (P < 0,05) izmainīts četrām miRNA robežās no -1,2 – 1,4 reizēm.

So far, there are no reports in literature on ccfDNA and circulating miRNA in plasma of pituitary adenoma (PA) patients. This work assessed the probability of detecting PA derived ccfDNA in plasma by using targeted NGS in positions which contained somatic mutations found in PA and studied the changes in miRNA profiles in plasma 24 hours post-surgery. Seven of the 16 somatic mutations previously found in the exome of PA were detected in amplicons of ccfDNA. In two positions of ccfDNA mutated allele was detected in more than 2% of all reads indicating that this ccfDNA is of PA. Five positions in two patients had mutated allele frequency in ccfDNA close to 50% even though these mutations were not detected in leukocyte DNA. Statistically significant fold change (P < 0,05) between -1,2 – 1,4 in plasma post-surgery was observed for four miRNAs.