Molekulārās dinamikas trajektorijas analīzes koda izstrāde fluorbenzoskābju pašasociācijas pētījumiem

Abstract

Molekulārās dinamikas trajektorijas analīzes koda izstrāde fluorbenzoskābju pašasociācijas pētījumiem. Auziņš A. A., zinātniskais vadītājs Dr. ķīm. Bobrovs R. Bakalaura darbs, 41 lappuses, 21 attēli, 1 tabula, 16 literatūras avoti, 2 pielikumi. Latviešu valodā. Darbā izstrādāta “python” programmatūra mazmolekulāru organisko savienojumu šķīdumu molekulārās dinamikas trajektoriju analīzei. Izstrādātais kods ļauj raksturot molekulāro pašasociātu ģeometriju, veidu, dzīves laiku, relatīvo stabilitāti, grupēt pašasociātus pēc mijiedarbību veidiem un eksportēt pašasociātu dimēru koordinātas atsevišķā trajektorijas failā. Programmas izstrādes laikā optimizēta koda ātrdarbība, paralelizēšana un atmiņas ekonomēšanā. Izstrādātās programmatūras pielietojuma iespējas demonstrētas fluorbenzoskābes šķīdumu molekulārās dinamikas simulāciju analīzē.

Development of molecular dynamics trajectory analysis code to study self-association of fluorobenzoic acid. Auziņš A. A. supervisor doc. Bobrovs R. bachelor thesis in physical chemistry, 41 pages, 21 figures, 1 table, 16 literature references, 2 appendices. In Latvian. Here we present a python code for the analysis of small organic molecule solution molecular dynamics trajectories. The code developed analyses and characterises geometry, type, lifetime, relative stability of self-associates, groups self-associates according to interaction type and exports self-associated dimer coordinates in separate trajectory file. The code was parallelized, performance and memory usage was optimised during the development. The applicability of the code was demonstrated by analysing the molecular dynamics trajectory of the fluorobenzoic acid solution.