GC (GC VITAMIN D BINDING PROTEIN ) GĒNA ĢENĒTISKO VARIĀCIJU SAISTĪBA AR 1. TIPA CUKURA DIABĒTU LATVIJAS POPULĀCIJĀ

Abstract

Galvenais visu D vitamīna metabolītu saistīšanas vai transportēšanas proteīns ir GC gēns. GC gēna ģenētiskās variācijas ir saistītas ar dažādām autoimūnām slimībām, kā 1. tipa cukura diabētu (1TCD) dažādās populācijas. GC gēna polimorfismi rs4588 un rs7041 tiek pētīti kā potenciāli 1. tipa cukura diabēta ietekmējoši faktori. Šī pētījuma mērķis bija analizēt GC gēna viena nukleotīda polimorfisma (SNP; single nucleotide polymorphism) rs4588 A>C un rs7041 T>G asociāciju ar 1. tipa cukura diabētu Latvijas populācijā. Lai noskaidrotu šo abu polimorfismu potenciālo ietekmi uz saslimšanas iespējamību, tika genotipēti 185 1. tipa cukura diabēta slimnieku DNS paraugi un 253 kontroles grupas paraugi, izmantojot restrikcijas fragmentu garumu polimorfisma metodi. Statistiskās analīzes rezultātā tika konstatēts, ka biežas alēles C (rs4588) un G (rs7041), kā arī homozigota GG (rs7041), ir statistiski nozīmīgas saistībā ar 1TCD attīstības risku Latvijas populācijā (C (rs4588): p = 2,87 x10-2; ORA = 1,37, CI 95% [1,03 – 1,82], G (rs7041): p = 2,59 x10-2; ORA = 1,45, CI 95% [0,85 – 2,08]). Haplotipu analīzes rezultātā tika noskaidrots, ka T-A un G-A ir iespējami 1TCD risku samazinoši faktori, un T-C kā iespējams slimības risku palielinošs. Statistiskās analīzes rezultātā tika konstatēts, ka biežo alēļu divu lokusu genotips GG-CC būtiski palielina slimības risku ar augstu statistisko nozīmīgumu, toties rets divu lokusu GG-TT genotips tika identificēts kā ļoti nozīmīgs iespējams molekulārais marķieris, kas pēc izteikti zemās OR vērtības ievērojami samazina 1TCD risku. Lai uzzinātu vairāk par polimorfismu funkcionālo nozīmi, tika izmantota bioinformātiskā analīze, kuras rezultātā tika noskaidrots, ka abu polimorfismu alēļu nomaiņa spēj ietekmēt transkripcijas faktoru piesaisti, DNS liekšanās spēju, kā arī rs7041 alternatīvās alēles rada atšķirīgas DNS sekundārās struktūras. Apkopojot visus rezultātus, tika secināts, ka GC gēna polimorfismi spēj ietekmēt 1. tipa cukura diabētu saslimšanas risku un, ka tie varētu kļūt par potenciāliem 1. tipa cukura diabēta marķierim Latvijas populācijā.

The GC gene is the major binding or transport protein for all vitamin D metabolites. Genetic variations in the GC gene have been linked to various autoimmune diseases, such as type 1 diabetes mellitus (T1DM) in different populations. The GC gene polymorphisms rs4588 and rs7041 are being studied as potential contributing factors to type 1 diabetes. The aim of this study was to analyse the association of the GC gene single nucleotide polymorphism (SNP) rs4588 A/C and rs7041 T/G with type 1 diabetes mellitus in the Latvian population. To determine the potential impact of these two polymorphisms on the likelihood of disease, DNA samples from 185 type 1 diabetics and 253 control group samples were genotyped using the restriction fragment length polymorphism method. As a result of statistical analysis, it was found that common alleles C (rs4588) and G (rs7041), as well as homozygous GG (rs7041), are statistically significant in relation to the risk of developing 1TCD in the Latvian population (C (rs4588)): p = 2.87 x10- 2, ORA = 1.37, CI 95% [1.03 - 1.82], G (rs7041): p = 2.59 x 10-2, ORA = 1.45, CI 95% [0.85 - 2 .08]). Haplotype analysis revealed that T-A and G-A are possible risk-reducing factors for 1TCD and that T-C as a potential risk factor for disease. Static analysis revealed that the two-locus GG-CC genotype of the common allele significantly increases the risk of disease with high statistical significance, while a rare two-locus GG-TT genotype was identified as a very important potential molecular marker that significantly reduced 1TCD after markedly low OR values. risk. To learn more about the functional significance of polymorphisms, bioinformatics analysis was used, which revealed that replacement of both polymorphism alleles could affect transcription factor binding, DNA bending ability, and rs7041 alternative alleles create different DNA secondary structures. After summarizing all the results, it was concluded that GC gene polymorphisms can influence the risk of type 1 diabetes and that they could become potential markers of type 1 diabetes in the Latvian population.