Cilvēka zarnu trakta mikrobioma sastāva asociācija ar vispārējo veselības stāvokli un mirstību

Abstract

Cilvēku apdzīvojošie mikroorganismi īsteno daudzas organismam būtiskas funkcijas un pētījumos ir pierādīts, ka mikrobioma izmaiņas ir saistītas ar dažādām veselības problēmām, tomēr vēl joprojām nav skaidrs kā šīs zināšanas vispārināt un pielietot praksē. Līdz ar to, maģistra darba mērķis bija noskaidrot, vai pastāv asociācija starp zarnu mikrobioma sastāvu un vispārējo veselības stāvokli. Lai to veiktu, no LU KPMI GISTAR un RAKUS klīnisko paraugu kolekcijām tika atlasīti fēču paraugi, kas iegūti no dalībniekiem ar sešām veselības stāvokli raksturojošām pazīmēm, un tiem tika veikta visa metagenoma analīze, izmantojot lielapjoma paralēlo sekvencēšanu. Mikrobioma vispārējā analīze norādīja, ka mikrobioma struktūra visās grupās bija līdzīga un būtiski neatšķīrās no veselo dalībnieku grupas. Tomēr, asociācijas analīzē tika konstatētas atsevišķas taksonomiskās grupas un gēni, kuri atainoja katru veselības stāvokli raksturojošo grupu salīdzinot ar veselo kontroles grupu.

Microorganisms inhabiting the human body perform many essential functions for the host, and studies have shown that alterations in their composition are associated with various health problems. However, there is still a lack of understanding to generalize and apply this knowledge in practice. Therefore, the aim of the Master's thesis was to find out whether there is an association between the composition of the gut microbiome and health status. In order to do this, we conducted a whole faecal metagenome sequencing in six health-characterizing groups of participants selected from the LU KPMI GISTAR and RAKUS clinical sample collections. Overall microbiome analysis indicated that the composition of the microbiome in all groups was similar and did not significantly differ from the group of healthy participants. However, the association analysis identified distinct taxonomic groups and genes that represented each health condition group compared to the healthy control group.