Paneļveida un pilna genoma senās DNS bagātināšanas metožu efektivitātes salīdzinājums

Abstract

Senā DNS ir fragmentēta un degradēta, kas apgrūtina tās izpēti. Šī iemesla dēļ ir nepieciešams veikt senās DNS bibliotēku bagātināšanu. Metodes ir dažādas, un ir iespējams bagātināt gan visu mērķa organisma genomu, gan tikai atsevišķas informatīvas pozīcijas organisma genomā. No šobrīd plaši pielietotajām bagātināšanas metodēm efektīvākā ir bagātināšana at Twist, kas ievērojami palielina informatīvo pozīciju īpatsvaru pētāmajā mērķa genomā. Bakalaura darba ietvaros ir apskatītas atšķirības rezultātos, kas rodas, izmantojot senās DNS bibliotēku cilvēka un Mycobacterium tuberculosis DNS proporcijas bagātināšanu visam genomam vai atsevišķām informatīvām pozīcijām genomā. Darbs ir turpinājums iepriekšējā gadā aizstāvētajam kursa darbam “Senās DNS bagātināšanas metožu salīdzinājums”, kurā tika apskatīta tikai cilvēka DNS proporcijas bagātināšana.

Ancient DNA is fragmented and degraded, which complicates its study. For this reason, enrichment of ancient DNA libraries is necessary. Various methods exist, and it is possible to enrich either the entire genome of the target organism or only specific informative positions within the organism's genome. Among the currently widely used enrichment methods, the most effective is enrichment using Twist, which significantly increases the proportion of informative positions within the target genome being studied. In this bachelor’s thesis, the differences in results arising from the enrichment of human and Mycobacterium tuberculosis DNA proportions — whether for the whole genome or for specific informative positions — were examined using ancient DNA libraries. This work is a continuation of the coursework “Comparison of ancient DNA enrichment methods” defended last year, which focused solely on the enrichment of human DNA proportions.