Pilotpētījums par antibiotiku rezistences gēnu monitoringu pilsētu notekūdeņos

Abstract

Pētījuma mērķis ir kvantitatīvi noteikt antimikrobiālās rezistences gēnu tendences Latvijas pilsētu: Daugavpils, Jelgavas, Liepājas, Rēzeknes, Rīgas, Valmieras un Ventspils, notekūdeņu attīrīšanas iekārtu ieplūdē periodā no 2022. gada jūlija līdz 2024. gada oktobrim. Ar digitālo PĶR tika noteikts sešu mērķa gēnu: sul1, ermB, mphE, tetW, aadA un blaOXA-58 kopiju skaits, kas tika normalizēts pret 16S rDNS. Veicot dispersijas analīzi, tika novērots, ka sezona, gads un pilsēta ir nozīmīgi faktori, kas saistīti ar ARG daudzumu. ARG izplatības tendences atšķīrās starp antibiotiku klasēm. Tika konstatēts, ka pilsēta ir būtiski saistīta ar visu aplūkoto ARG sastopamību, kas var liecināt par atšķirīgu antibiotiku patēriņu. Tika secināts, ka dPĶR ir pietiekami jutīga metode, lai noteiktu ARG izmaiņas laikā notekūdeņu paraugos.

The aim of this study was to detect ARGs in urban wastewater samples. Influent samples were collected from seven municipalities in Latvia: Daugavpils, Jelgava, Liepāja, Rēzekne, Rīga, Valmiera, and Ventspils, between summer 2022 and autumn 2024. Digital PCR was used to quantify the copy numbers of six selected AMR genes: sul1, ermB, mphE, tetW, aadA and blaOXA-58. The 16S rDNA gene was used for normalization. Analysis of variance revealed that municipality of origin, season and year had a statistically significant effect on ARG abundance. The abundance differed between antibiotic classes. Municipality had the most significant influence on all selected genes, suggesting a possibility of different antibiotic consumption between regions. It was concluded that dPCR is a sensitive method that can detect differences of ARGs in wastewater samples.