Latvijas populācijas DNS kolekcijas izveide un raksturošana, PSMC6 gēna genotipēšana

Abstract

Proteasomas ir liels proteīnu komplekss. To galvenā funkcija ir lizēt defektīvas un nolietotas olbaltumvielas. 26S proteasoma sastāv no 20S serdes struktūras un 19S regulējošiem kompleksiem, kuri satur daudzas ATPāzes atkarīgas saites un ubikvitīna pievienošanās saites. PSMC6 gēns kodē 26S proteāzes regulējošās subvienības 10B proteīnu, kas pieder pie AAA-ATPāzes saimes. Darba mērķis bija pārbaudīt DNS kvalitāti un kvantitāti DNS paraugu kolekcijā, kas tika savākta no LU Medicīnas fakultāte studentu vaigu epitēlija, un noteikt iegūtā DNS PSMC6 gēna rs2295826 un rs2295827 viena nukleotīda polimorfismu (SNP). Materiāli un metodes. DNS tika izdalīta no studentu vaiga epitēlija šūnām ar izsālīšanas metodi un tika noteikta DNS paraugu koncentrācija. Pēc tam tika veikta polimerāzes ķēdes reakcija (PCR), izmantojot PSMC6_SNP986_F un PSMC6_SNP986_R praimerus. Restrikcijas saita polimorfisma izpētē tika izmantota restrikcijas saita polimorfisma metode, par restrikcijas enzīmu lietojot HpyF3I (DdeI). Rezultāti: Veicot paraugu DNS kvalitātes un koncentrācijas izvērtēšanu, tika konstatēts, ka visi paraugi ir labas kvalitātes un ar augstu koncentrāciju. Tikai 6 paraugi bija jāatšķaida koncentrācijā 1:5, vairums paraugu bija jāatšķaida 1:10 un vairāk. Veicot analīzi ar PSMC6 gēna introna SNP rs2295826, 52 (58,4%) paraugiem tika konstatēts A/A genotips, 37 (41,6%) tika konstatēts A/G genotips. Nevienā gadījumā netika konstatēts G/G genotips. Veicot analīzi ar PSMC6 gēna introna SNP rs2295827, 23 (25,8%) paraugiem tika konstatēts C/C genotips, 66 (74,2%) tika konstatēts C/T genotips. Nevienā gadījumā netika konstatēts T/T genotips. Secinājumi: Vaigu epitēlija DNS paraugu kvantitāte un kvalitāte bija apmierinoša un tos varēja sekmīgi izmantot turpmākai analīzei. Salīdzinot šajā darbā iegūto SNP rs2295826 genotipu procentuālo sadali ar NCBI datu bāzi, rezultāti atšķīrās no eiropiešu populācijas, tomēr tie bija līdzīgi aziātu un afro-amerikāņu rasas pārstāvjiem. Šajā pētījumā tika novērots procentuāli liels heterozigotas C/T genotips, savukārt, sakarā ar iespējamo nepilno restrikciju nebija neviens T/T genotips SNP rs2295827. Būtu nepieciešami turpmākie pētījumi rs2295826 un rs2295827 viena nukleotīda polimorfismu izpētē.

Proteasomes are large protein complexes. The main function of the proteasome is to degrade used or damaged proteins by proteolysis. The most common form of the proteasome is known as the 26S proteasome, which contains one 20S core particle structure and two 19S regulatory caps. 19S regulatory subunit contains multiple ATPase active sites and ubiquitin binding sites. 26S protease regulatory subunit 10B is an enzyme that in humans is encoded by the PSMC6 gene, and it is a member of the AAA family of ATPases. The Aim of this study was to check quality and quantity in DNA sample collection attained from buccal epithelium, and genotype of the rs2295826 and rs2295827 SNP in PSMC6 gene. Methods: DNA was collected from the students of Faculty of Medicine University of Latvia. DNA was extracted from buccal epithelium by salting method. All samples were checked for the quantity and quality of DNA. PCR was made by taking PSMC6_SNP986_F and PSMC6_SNP986_R primers and the restriction was made by taking HpyF3I (DdeI) enzyme. Results: During the sample DNA quality and concentration evaluation, it was found that all samples are of good quality and at high concentrations. Genotypes of rs2295826 SNP were found following frequencies: 58,4% A/A genotype (52 ex.), 41,6% A/G genotype (37 ex.). In no case was found evidence of the G/G genotype. Genotypes of rs2295827 SNP were found following frequencies: 25,8% C/C genotype (23 ex.), 74,2% C/T genotype (66 ex.). T/T genotype was not found. Conclusion: Quantity and quality of DNA samples from buccal epithelium were sufficient and could successfully be used for further analysis. Our data are different from published data about European population; however there is similarity with Asian and Afro-Americans. rs2295827 SNP genotypes contained much more C/T heterozygote’s compared to previous studies. This seems to be technical mistake during the analysis. Research on the rs2295826 and rs2295827 SNP should be continued.