Specifisku aptamēru atlasīšana izmantojot šūnu - SELEX metodi

Abstract

Aptamēri pēdējo gadu laikā ir ieguvuši augstāku uzmanību, jo to specifisko saistīšanos pie mērķa var izmantot dažādu slimību diagnostikā un terapijā. Nieru karcinomas ārstēšanas terapijā izmantotie līdzekļi ir toksiski pacientam un nav pietiekami efektīvi. Aizvien vairāk tiek meklētas jaunas pieejas terapijai. Šajā pētījumā izmantojām aptamērus, tos atlasot pret nieru karcinomas šūnām, ar šūnu-SELEX metodi. Pēc 11 atlases cikliem tika veikta aptamēru sekvencēšana, izmantojot otrās paaudzes sekvencēšanu, un iegūto datu analīze. Pēc datu analīzes varēja novērot 15 unikālas aptamēru sekvences, kas specifiski saistās tikai pie RCC-MF šūnām un 4 sekvences, kas saistās ar RC-124 un RCC-MF šūnām, bet augstāka saistīšanās spēja novērota ar RCC-MF šūnām.

Recently aptamers have attracted attention of their specific affinity to targets, that can be used to treat or diagnose diseases. Treatments for renal cell carcinoma, that are used now, have high toxicity to patient and is not efficient enough. There is still a search for better treatments. In this study we used aptamers and cell-SELEX method to select specific aptamers for renal cell carcinoma. After 11 cycles of aptamer selection, we used NGS to sequence aptamer library. After that, we analyzed sequencing data and observed 15 unique aptamer sequences that are specific only to RCC-MF cells and 4 sequences that bind to RC-124 and RCC-MF cells, but higher ability to bind to RCC-MF cells.