Dihidropiridīnu amfifīlu molekulāro agregātu datormodelēšana
Author
Danne, Reinis
Co-author
Latvijas Universitāte. Ķīmijas fakultāte
Advisor
Kļimenkovs, Igors
Date
2009Metadata
Show full item recordAbstract
Dihidropiridīnu amfifīlu molekulāro agregātu datormodelēšana. Autors Danne R., zinātniskie vadītāji prof. Duburs G., Dr. Bunker A. un Dr. Kļimenkovs I. Maģistra
darbs, 41 lappuses, 20 attēli, 77 literatūras avoti, 2 pielikumi. Angļu valodā.
KRITISKĀ MICELLU KONCENTRĀCIJA, ISRAELACHVILI, PAKOŠANĀS KOEFICIENTS,
DIHIDROPIRIDĪNI, MOLEKULĀRĀ DINAMIKA, LIPĪDI, MEMBRĀNAS, LIPOSOMAS, MICELLAS
Darbā veikts literatūras apskats par kritisko micellu koncentrāciju un amfifīlu
molekulāro agregātu veidošanos (to skaitā micellu un liposomu). Veikti
kritiskās micellu koncentrācijas noteikšanas eksperimenti četriem
1,4-dihidropiridīna atvasinājumiem, izmantojot virsmas spraiguma mērīšanu.
Darba gaitā pārparametrizēti OPLS-AA spēka lauka lādiņi, izmantojot ab
initio kvantu ķīmijas aprēķinus un sagatavota Gromacs topoloģija
1,1’-[(3,5-didodeciloksikarbonil-4-fenil-1,4-dihidropiridīn-2,6-diil)-idimetilēn]-bispiridīnija
dibromīdam, kas tālāk tiks izmantota amfifīlu bislāņa membrānas molekulārās
dinamikas simulācijās.
Uzbūvēts lipīdu bislāņa modelis, kas sastāv no 88
dioleilfosfatidiletanolamīna un 40
1,1’-[(3,5-didodeciloksikarbonil-4-fenil-1,4-dihidropiridīn-2,6-diil)-idimetilēn]-bispiridīnija
dibromīda molekulām, kā arī veikta sākotnējā jaunās topoloģijas testēšana, izmantojot šo modeli. Computer modelling of dihydropyridine amphiphile molecular aggregates.
Danne R., research supervisors prof. Duburs G., Dr. Bunker A. and Dr. Kļimenkovs I.
Master thesis, 41 pages, 20 figures, 77 literature references, 2 appendices. In English.
CRITICAL MICELLE CONCENTRATION, ISRAELACHVILI, PACKING PARAM-
ETER, DIHYDROPYRIDINE, MOLECULAR DYNAMICS, LIPID MEMBRANES, LI-
POSOMES, MICELLES
In this work is given a literature survey about Critical Micelle Concentration and
amphiphile self-assembly in micelles and vesicles. Experiments for CMC determination
for four dihydropyridines using surface tension measurements were performed. These
results and information from literature were used to base our decisions about Molecular
Dynamics simulation set-up.
We have reparametrized OPLS-AA forcefield charges based on Quantum Mechanical
calculations to fit our system. Gromacs topology for cationic 1,1'-[(3,5-didodecyloxycarbonyl-
4-phenyl-1,4-dihydropyridine-2,6-diyl)-dimethylene]- bispyridinium dibromide was prepared.
It is planned to be used in membrane bilayer Molecular Dynamics simulation.
Model membrane consisting of 88 dioleylphosphatidylethanolamine and 40 1,1'-[(3,5-
didodecyloxycarbonyl-4-phenyl-1,4-dihydropyridine-2,6-diyl)-dimethylene]-bispyridinium
dibromide molecules was built. We have done initial testing of the new topology using
this membrane model.