Kopiju skaita variāciju genotipēšana miežos izmantojot EvaGreen un reāla laika PĶR aparātu

Abstract

Bakalaura darbā ir veikta kvantitatīva polimerāzes ķēdes reakcija, izmantojot relatīvās kvantificēšanas metodi ar Step One v2.1 programmu, genoma atkārtotie elementi, kas tika pētīti, atšķiras savā starpā dažādos paraugos. Tas neapstrīdami pierāda, ka tie eksistē vairāku vai mazāku kopiju skaita variāciju veidā un atšķiras dažādās šķirnēs un dažādos orgānos miežiem. Tika pierādīts, ka Eva Green fluorescējošā krāsa ir ideāls aizvietotājs SYBR green I krāsai, jo tā uzrāda perfektas interkalēšanās īpašības DNS dubultspirālē.

Copy number variations in different barley organs were determinated in quantitative palymerase chain reaction, using relative quantification method in Step One v2.1 software. Copy number of genome repeat elements, that were differed in various plant organs and varieties samples. Eva Green fluorescent dye turned out to be an ideal tool for qPCR. It can replace SYBR Green I, because it demonstrantes perfect intercalation properties into double stranded DNA.