Proteīnu struktūras izmaiņu datu bāze

Abstract

Darbā ir izpētīti dažādi proteīnu klasifikācijas paņēmieni, kas balstīti uz izmaiņām to struktūrās. Aprakstītas attiecīgās datu bāzes. Balstoties uz bioinformātikas zinātnieku darbu rezultātiem, autore nolēma apkopot un sistematizēt šo pētījumu rezultātus. Izstrādāta datu bāze, kas ļauj apkopot un sistematizēt visus veiktos proteīnu struktūras izmaiņu analīzes pētījumus. Pētījumu rezultāti, kas glabājas bāzē, var skart gan proteīnu lineāro, gan telpisko struktūru salīdzināšanas.

Datu bāze realizēta datu bāzes pārvaldības sistēmā MySQL, izmantojot programmēšanas valodas PHP, JavaScript un marķēšanas valodu HTML. Proteīnu struktūru izmaiņu datu bāze realizēta kā tīmekļa aplikācija.

In this work author has investigated different approach of protein classification based on their structural changes. Corresponding databases are described. Using works of bioinformatic’s researchers as background author decided to gain and systemize results of these investigations. There was developed a database that allows systemizing information about protein structure changes. Such data include both secondary structure and fold comparison. Database is implemented in MySQL database management system, using PHP and JavaScript programming languages and markup language HTML. Database of changes in protein structure is implemented as web application.